โรงเรียนวัดดอนทราย ได้ทำการเปิดการเรียนการสอน ภาคเรียนที่ 2/2564 ในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2564 โดยแบ่งกลุ่มนักเรียนออกเป็น 2 กลุ่ม เพื่อตามมาตราการกระทรวงศึกษาธิการให้โรงเรียนแบบ On site ได้ไม่เกิน 25 คนต่อ 1 ห้องเรียน และโรงเรียนยังมีมาตราการคัดกรองตั้งแต่หน้าประตูโรงเรียนจนถึงเข้าห้องเรียนและมีการสังเกตอาการนักเรียนตลอด